DNA甲基化检测方法大体分为两个阶段。首先使用化学物质亚硫酸钠(Bisulfite)区分被甲基化的胞嘧啶和非甲基化胞嘧啶。非甲基化胞嘧啶被亚硫酸钠转换为尿嘧啶核苷(Uracil, U)，被甲基化的胞嘧啶(C-CH3)遗留为胞嘧啶。之后，通过甲基化特异性聚合酶链反应 (Methylation specific PCR)或称为焦磷酸测序(Pyrosqeuncing)的碱基序列分析法确认是否被甲基化。非甲基化的DNA因亚硫酸钠发生基因变形不被扩增，被DNA甲基化的基因被扩增。

使用亚硫酸钠的DNA甲基化检测需要多量的DNA，需要从患者采取多量的组织或血液的负担大，由于亚硫酸钠发生特异性遗传因子变形尽管是阳性显现为阴性的假阴性率高，难以获得正确的结果。并且，因为可复现性低需要进行3次以上的反复试验，所需时间长等，有难以适用于正确迅速的分子诊断的局限。